MTAZ ditubuhkan pada Jun 2000 untuk merialisasikan impian dan harapan beberapa individu melahirkan anak-anak yang menghafal Al Quran. Penubuhan yang dikhususkan untuk pelajar puteri sahaja menjadikan nama Maahad Tahfiz Az Zahrah dipilih. AZ Zahrah yang memberi maksud bunga dalam bahasa arab menjadi kenyataan apabila Puan Norlayani Othman mewakafkan sebuah banglo country design beserta 5 ekar tanah sebagai kampus MTAZ.

Peringkat permulaan, para pelajar hanya terdiri daripada anak-anak mereka yang terlibat secara lansung dalam penubuhan MTAZ. Keperihatinan masyarakat dalam menyusuri karenah perkembangan anak-anak yang semakin mencabar menjadikan MTAZ semakin mendapat tempat dan permintaan untuk memasuki MTAZ meningkat saban tahun. Bermula hanya belasan pelajar pada peringkat awal penubuhan kini bilangan pelajar mencecah 100 orang.